MovableTypeでブログの記事名、タイトル名をURLコードに変換するには、
MTBlogNameやMTEntryTitleのタグに「encode_url="1"」を付けてやればOK。
MT3.35～MT4.25で確認済み。MT全般これで大丈夫だと思う。

具体的に書くと

<$MTBlogNameencode_html="1"$>は普通に日本語。ウチの場合
「動画エンコとフリーソフト ぼくんちのTV 別館」
となる。
<$MTBlogNameencode_url="1"$>はurlコードに変換。ウチの場合
「%E5%8B%95%E7%94%BB%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B3%E3%81%A8%E3%83%95%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%20%E3%81%BC%E3%81%8F%E3%82%93%E3%81%A1%E3%81%AETV%20%E5%88%A5%E9%A4%A8」
になる。

個別記事の場合
<$MTEntryTitleencode_url="1"$>
カテゴリーの場合
<$MTArchiveTitleencode_url="1"$>
 でOK

「こんな技、どんな時に使うの？」ってのがあると思うが、例えばYahoo!ブックマークへのリンクを作りたい時などに使う。

<ahref="http://bookmarks.yahoo.co.jp/bookmarklet/showpopup?t=<$MTBlogName encode_url="1"$>&amp;u=<$MTBlogURL$>&amp;opener=bm&amp;ei=UTF-8"target="_blank">Yahoo!にブックマークする</a>

てなカンジの一文をテンプレートに記述すれば、TOPページへのYahoo!ブックマークリンクが完成する。